La principal modificación introducida al proyecto original corresponde a la inscripción de títulos de propiedad sin certificado de condiciones de dominio, que se encuentra habilitado por el Artículo 126 del proyecto. La mayoría de las modificaciones incluyen cuestiones de forma en el proyecto de ley de 201 artículos, utilizando como base el dictamen de la Comisión de Presupuesto de la Cámara Baja.
Esto fue modificado a solicitud del diputado Rodrigo Blanco argumentando que, ante la elevada superposición de tierras en Paraguay, habilitar la inscripción de inmuebles sin el certificado de condiciones de dominio es «una medida gravísima». La medida fue acompañada por sus colegas y se realizó la modificación.
El objetivo del Poder Ejecutivo es contar con un sólo trámite para las inscripciones de inmuebles y otros bienes, y dar repuesta a problemáticas de décadas como la superposición estimada de 300.000 hectáreas de tierras y la excesiva burocracia.
El RUN es una propuesta para la fusión de las direcciones de Registros Públicos, de Geodesia y el Servicio Nacional de Catastro, la primera dependiente del Poder Judicial y las restantes del Poder Ejecutivo.
El Registro Unificado dependerá de la Corte Suprema de Justicia como un órgano técnico y administrativo con competencia sobre bienes inmuebles y muebles registrables.