En su inicio la Misión Alemana, se ha enfocado a la salud como uno de sus ejes de trabajo, ya que percibían una total ausencia por parte del estado en las comunidades indígenas.
Al llegar a las zonas vulnerables comenzaron a trabajar con las distintas comunidades indígenas, quienes años atrás tenían el pensamiento de no permitir acudir a los centros médicos, ya que las creencias animistas hacia que evitara los tratamientos infundido por algún profesional del área de salud.
Con el paso del tiempo los Misioneros Alemanes lograron ganar la confianza de la comunidad, y a medida que el trabajo fue creciendo, también las necesidades básicas de la sociedad y los recursos humanitarios para las asistencias. De esa manera la Misión Alemana abrazó el objetivo de ser formadores de la salud básica, capacitando a varios miembros de la comunidad indígena para luego ser ellos los protagonistas de la salud.
Actualmente más de 60 indígenas fueron capacitados como promotores de salud a través de la Misión Alemana, donde un aproximado de 15 personas ya fueron contratadas por el gobierno para cumplir la labor en el área de salud, y quienes hoy, tienen el deseo y la oportunidad de seguir capacitándose y estudiar carreras como la licenciatura en enfermería.
La Misión Alemana insta y apoya a jóvenes a seguir profesiones abocados a la salud y de esa forma dar, lo que un día recibieron. Por otro lado, la organización sigue contando con cursos de capacitación para jóvenes y adultos que desean aprender acerca de ser un promotor de salud
El objetivo es seguir enviando misioneros a las zonas más vulnerables del país, donde no tienen acceso a servicios básicos, donde la población ha sido inmersa en la desidia total, ahí están los desafíos que Dios ha puesto. Fortalecer la presencia en zonas como el norte de Concepción y parte del Bajo Chaco, sitios donde no ha llegado el evangelio.