En el departamento de Boquerón hay un total de 14 locales de votación, unas 176 mesas habilitadas y unos 36.700 electores inscriptos en el padrón de votación. Los locales de votación más conocidas son las de las ciudades de Filadelfia, Loma Plata, Mariscal Estigarribia, Neuland y Villa Choferes.
Sin embargo, hay lugares de votación muy alejados, como por ejemplo Pedro P. Peña, a orillas del Pilcomayo; Virgen de Fátima, Línea 32 y San José Esteros, todos estos también en zona de la Cuenca del Pilcomayo, y La Patria, distante a 652 km de la capital y Nueva Asunción, el lugar más alejado, ya cerca de la frontera con Bolivia, en el Alto Chaco.
A pesar de la distancia ya explicada anteriormente y muy caracteristicas del Chaco, el Ministerio Público designó a una sola fiscala para atender todos los reclamos electorales en Boquerón y Presidente Hayes, departamentos que suman juntos 164.000 km2, el 41% de la superficie del país. La fiscala designada es Gloria Alcaraz.