En los últimos años, la Dirección Nacional de Aduanas viene trabajando arduamente y avanzando en mejorar el control interno en el marco de la lucha contra la corrupción y aumento de la eficiencia administrativa.
Este 2022, la institución ha logrado por segundo año consecutivo encabezar la hora de evaluación de los sistemas de control interno en el sector público.
En el informe anterior de la Contraloría la Dirección Nacional de Aduanas compartió el primer lugar con la Dirección Nacional de Contrataciones Públicas y la Contraloría General de la República.
Sin embargo, en el informe parcial sobre los trabajos de evaluación que está realizando la Contraloría actualmente, la Dirección Nacional de Aduanas aparece de forma solitaria como la institución con la mejor nota respecto a la fortaleza de su sistema de control interno entre otras 340 empresas e instituciones públicas.