Para esta ronda se cruzarán los 16 clubes de la División Intermedia con los 24 equipos clasificados de la UFI, Primera B y Primera B. De estos enfrentamientos 20 equipos pasarán a la tercera fase, donde tendrán que medirse con los 12 de equipos de la Primera División.
Será la primera vez en cuatro ediciones de la Copa Paraguay, los equipos provenientes de la Unión de Fútbol del Interior estarán presentes en la segunda ronda de la Copa de Todos. Además, se tendrán tres enfrentamientos de equipos de una misma ciudad. De Luque: Gral. Caballero CG vs Sportivo Luqueño; de Capiatá: Deportivo Capiatá vs. Gral. Martín Ledesma; y de Asunción: Valois Rivarola vs. Rubio Ñu.
Así quedaron los cruces de la segunda Fase de la Copa de Todos:
