Formado futbolísticamente en Olimpia, Raúl Cáceres es hijo del recordado Virginio Cáceres, una de las grandes glorias de la institución. El lateral derecho integró el plantel campeón del Torneo Clausura 2011, equipo que cortó una sequía de 11 años sin títulos locales.
El último partido oficial de Cáceres con la camiseta de Olimpia se disputó hace exactamente 5.132 días. Fue el 30 de noviembre de 2011, por la fecha 19 del Torneo Clausura, cuando el entonces entrenador Gerardo Pelusso lo alineó como titular en la victoria 2-0 del Decano frente a Independiente de Campo Grande. En aquel compromiso, Cáceres actuó como lateral derecho y fue sustituido a los 74 minutos por Francisco Nájera.
A partir de ese encuentro, comenzó un extenso recorrido profesional. En el fútbol paraguayo defendió las camisetas de Sportivo Carapeguá, Sol de América, Cerro Porteño y Guaraní, mientras que en el exterior acumuló experiencia en el fútbol brasileño, jugando en Vasco da Gama, Cruzeiro, América Mineiro y recientemente en Vitória.