En las ultimas ediciones de la Libertadores, Guaraní ha jugado varios encuentros en territorio brasileño y claramente el mejor resultado se dio en los octavos de final del 2015 cuando eliminó al Corinthians tras vencer en ambos encuentros en Asunción 2-0 con goles de Fernando Fernández y Alberto Contrera, en Sao Paulo fue 0-1 con gol de Fernando Fernández. Luego de esa heroica victoria, el indio disputó cuatro partidos más en Brasil por Conmebol Libertadores, cayendo en todas ellas. En 2017 por la fecha 4 del Grupo H perdió 4-1 ante Gremio, en 2020 enfrentó tres veces a equipos brasileros. Por la Fase 2 fue derrotado 2-1 por el Corinthians, sin embargo, clasificó por el gol visitante, por el Grupo B perdió 3-1 ante Palmeiras y por en los octavos de final de esa edición cayó 2-0 ante Gremio.
En el historial de la Copa Conmebol Libertadores, Guaraní disputará el juego número 144, logrando 48 victorias, empatando 37 veces y cayendo en 58 oportunidades, marcando en total 183 goles y recibiendo 200 tantos. Ahora bien, si nos guiamos en las estadísticas, son nueve partidos los que el Aborigen jugó en Brasil por este certamen, logrando una sola victoria 0-1 ante Corinthians en 2015, un empate 2-2 ante Santos en 2004 con dos goles de Osvaldo Díaz y 7 derrotas , tres veces ante Palmeiras, 2 contra Gremio y uno ante Cruzeiro y Corinthians