Filadelfia,RCC.- Durante los años 1980, Brasil, Argentina y Uruguay regresaron a la democracia y allí se aprovechó el clima político para salir a las calles a manifestarse. Tales manifestaciones fueron lideradas por el Acuerdo Nacional (PLRA, Febrerista) y los sindicatos, pero fueron reprimidas violentamente, a pesar de ser pacíficas.
Por ello, Stroessner fue abandonado por sus antiguos aliados, como Estados Unidos, y la economía empeoró. En 1987, se realizó la Convención del Partido Colorado y la facción stronista . Su partido pensaba escoger como candidato a su hijo mayor, Gustavo Stroessner, pero lo escogieron a él. En las elecciones fraudulentas de 1988 obtuvo el 88,8 % de los votos.
Escritores y activistas opositores al Partido Colorado recordarán a las 19.862 personas detenidas arbitrariamente por la dictadura, a las 18.772 torturadas, a las 336 que aún están desaparecidas y a las más de 3.470 que fueron obligadas a exiliarse. En ese listado está uno de los más insignes escritores paraguayos, Augusto Roa Bastos, Premio Cervantes en, precisamente, 1989.
Debido a lo brutal de su dictadura, la facción más tradicionalista de su partido, los militares y en especial la Iglesia católica, empezaron a demostrar su malestar hacia el régimen: en la madrugada del viernes 3 de febrero de 1989, su consuegro y hasta entonces mano derecha, el general Andrés Rodríguez, con el respaldo de Estados Unidos, encabezó un golpe de Estado. Stroessner fue aprehendido por unos días hasta que fue enviado al exilio a Brasilia, junto a su hija Graciela, su hijo Gustavo y la esposa de este último María Eugenia Heikel.